La salida de la segunda economía más grande de Europa y una de las dos principales potencias militares desató un esfuerzo de los 27 países restantes del bloque por fortalecerse, en medio del creciente populismo "euroescéptico", más marcado que en otras vicisitudes del pasado.
La votación puso a la UE frente a la tercera crisis más grande de la década después de los enormes problemas de deuda de la zona euro que comenzaron en Grecia y la llegada de un millón de inmigrantes y refugiados el año pasado.
Pese a meses de sondeos de opinión oscilantes, muy pocos en las cúpulas de Bruselas, Berlín o París creían que los votantes finalmente se arriesgarían al llamado "Brexit".
La negociación para la salida de Reino Unido podría ser un proceso largo y divisivo, ya que Alemania y sus aliados del norte tenderían a mantener a Londres lo más cerca posible de los mercados europeos, mientras que otros, especialmente Francia, podrían buscar un enfoque severo que desaliente eventuales fragmentaciones futuras.
La prioridad en el corazón de los gobiernos e instituciones de la UE será, por lo tanto, negociar un divorcio amistoso y prevenir contagios.
"Europa seguirá en pie pero debe reaccionar y recuperar la confianza de sus pueblos", dijo el ministro de Relaciones Exteriores de Francia, Jean-Marc Ayrault, en su cuenta de Twitter. "Es urgente".
Aunque los mercados financieros reaccionaron de golpe al Brexit, el impacto más profundo sobre las distintas economías podría demorar en aparecer.
El proceso de salida es poco claro ya que el artículo 50 del tratado de la UE, que establece la manera en que un país puede abandonar el bloque, ofrece muy pocos detalles. Aunque fija un cronograma de dos años para una retirada, muchos dicen que será más largo y algunos temen un camino amargo.
Los nacionalistas antieuropeos, entusiasmados por la campaña del Brexit, ya están pidiendo referendos propios sobre la membresía al bloque o sobre abandonar la moneda única, el euro.
Molestia popular. El ministro polaco de Asuntos Europeos, Konrad Szymanski, de la tendencia nacionalista euroescéptica que gobierna el país, se ha enfrentado con Bruselas desde que fue elegido el año pasado, argumentando que la UE está en riesgo de perder a más integrantes si no se somete a reformas profundas.
Diplomáticos de la Unión Europea han apuntado a Dinamarca, Holanda y posiblemente a Francia como estados en los que la presión política para un referendo similar al británico podría ser más fuerte, aunque no ven una reacción en cadena.
Otros gobiernos probablemente rechazarán eventuales llamados a plebiscitos, pero de todas maneras se enfrentan a la molestia pública alentada por temores a la globalización, el deterioro en los estándares de vida y la ansiedad por la inmigración.
Ese mismo sentimiento ha impulsado al multimillonario Donald Trump al borde de la nominación republicana como candidato a las elecciones presidenciales de Estados Unidos. Trump elogió la decisión de Reino Unido como un gesto que hace a los británicos retomar el control de su país.
Los líderes de UE están dispuestos a revertir esas percepciones.
El presidente del Consejo Europeo, Donald Tusk, declaró: "En nombre de los 27 líderes puedo decir que estamos determinados a mantener nuestra unidad como 27". Citando al filósofo alemán Friedrich Nietzsche añadió: "Lo que no te mata, te hace más fuerte".